卵巢巧克力囊肿(也称之为内异症)会影响卵巢功能，影响卵泡发育。如果卵巢表面有膜状粘连，即使成熟的卵泡也排不出来。从疾病的发展来讲，内异症对卵巢功能会有损伤，一方面会影响排卵，产生排卵功能障碍;另一方面异位病灶反复的出血和机化，对卵巢的储备功能也有影响。
子宫内膜异位症是炎性疾病，内异症患者往往存在不同程度的盆腔粘连，盆腔粘连引起盆腔环境改变，输卵管运送受精卵的能力下降，甚至无法拾卵、运送。还有盆腔环境中的腹腔积液影响输卵管的蠕动，进而影响受精。
内异症还可能产生很多非感染性的炎性因子，影响盆腔和宫腔的微环境，不利于受精卵的着床。
若患有卵巢巧克力囊肿的患者怀孕需要先治疗吗?
若是巧克力囊肿直径小于4厘米，没有明显的痛经，而且没有不孕的病史，也应该咨询医生先进行一定治疗后再考虑去怀孕，在备孕过程中要定期去医院做B超检查。
若是囊肿超过5cm，CA125升高明显，痛经严重药物保守治疗无效，或者试孕1年没有成功。那么，还是听取医生的建议行腹腔镜手术。手术剥除囊肿的同时，又可以处理盆腔的内异症病灶。
卵巢巧克力囊肿不孕患者治疗后还是无法自然怀孕可以直接选择试管婴儿助孕治疗的。